Firmó la orden en la que se debería entrar en guerra con los Países Bajos, Reino Unido y los Estados Unidos si sus demandas de vía libre en China e Indochina no eran satisfechas. Meses antes los norteamericanos habían suspendido el envío de petróleo a Japón como medida de presión.

El primer ministro, príncipe Fumimaro Konoe, era muy reticente a iniciar una guerra contra los Estados Unidos y los países de la Commonwealth. Sin embargo, el emperador Hirohito se inclinó finalmente por las tesis del sector más belicista, como el propio Konoe admitiría ante su jefe de gabinete, Kenji Tomita. Ante su aislamiento en el Gobierno y la falta de apoyo del emperador, Konoe se vio forzado a dimitir el 16 de octubre de 1941. Para reemplazarlo, Hirohito eligió, de acuerdo con la recomendación del Señor del Sello Privado, Koichi Kido, al hasta entonces ministro de la Guerra, general Hideki Tōjō, una de las figuras más destacadas del sector belicista, encargándole la organización del ataque contra la flota estadounidense en el Pacífico. El 1 de diciembre, en una Conferencia Imperial celebrada en Tokio, Hirohito dio su aprobación oficial al comienzo de la guerra.

Así pues, el   8 de diciembre (7 de diciembre en Hawaii) de 1941, se atacó simultáneamente Pearl Harbor y todo el sureste asiático.
                       

Hirohito hizo importantes intervenciones en algunas operaciones militares.
A principios de 1945, tras la derrota en la Batalla de Leyte, el Emperador Shōwa inició una serie de reuniones individuales con oficiales de alto rango del Gobierno para evaluar el progreso de la guerra. Todos, excepto el ex-primer ministro Fumimaro Konoe aconsejaron continuar la guerra. Konoe temía una revolución comunista incluso más que la derrota en la guerra e insistía en una rendición negociada. En febrero de 1945, durante la primera audiencia privada con el emperador que le había sido permitida en tres años, Konoe aconsejó a Hirohito iniciar negociaciones para finalizar la guerra. De acuerdo con el Gran Chambelán Hisanori Fujita, el emperador, que buscaba todavía una gran victoria para obtener una posición negociadora más fuerte, rechazó firmemente la recomendación de Konoe.

Con la guerra perdida, los japoneses continuaron ante la petición aliada de rendición incondicional, lo que suponía probablemente la eliminación de la figura del emperador. Sin embargo, pese a la ocupación norteamericana, durante los Juicios de Tokio el emperador recibió inmunidad en su favor no siendo acusado.